Centrinis viešųjų pirkimų ir koncesijų skyrius Klientų aptarnavimo ir informavimo skyrius Kultūros skyrius Socialinės paramos skyrius Socialinių paslaugų skyrius Sveikatos apsaugos skyrius Švietimo skyrius Užsienio ryšių skyrius

Bendrųjų reikalų skyrius Dokumentų skyrius Licencijų, leidimų ir paslaugų skyrius Miesto planavimo ir architektūros skyrius Miesto tvarkymo skyrius Nekilnojamojo turto skyrius Transporto ir eismo organizavimo skyrius Viešosios tvarkos skyrius

Seniūnijos Aleksoto seniūnija Centro seniūnija Dainavos seniūnija Eigulių seniūnija Gričiupio seniūnija Panemunės seniūnija Petrašiūnų seniūnija Šančių seniūnija Šilainių seniūnija Vilijampolės seniūnija Žaliakalnio seniūnija

Aplinkos apsaugos skyrius Būsto modernizavimo, administravimo ir energetikos skyrius E. paslaugų ir informacinių technologijų skyrius Investicijų ir projektų skyrius Kultūros paveldo skyrius Sporto skyrius Statybos valdymo skyrius Strateginio planavimo, analizės ir programų valdymo skyrius

Centralizuotas vidaus audito skyrius Centrinis apskaitos skyrius Finansų ir ekonomikos skyrius Personalo valdymo skyrius Ryšių su visuomene skyrius Teisės ir konsultavimo skyrius