Centrinis viešųjų pirkimų ir koncesijų skyrius Civilinės metrikacijos skyrius Klientų aptarnavimo skyrius Kultūros skyrius Socialinės paramos skyrius Socialinių paslaugų skyrius Sveikatos apsaugos skyrius Švietimo skyrius Užsienio ryšių skyrius

Bendrųjų reikalų skyrius Daugiabučių namų administravimo ir renovavimo skyrius Dokumentų skyrius Miesto planavimo ir architektūros skyrius Miesto tvarkymo skyrius Nekilnojamojo turto skyrius Transporto ir eismo organizavimo skyrius Viešosios tvarkos skyrius

Seniūnijos Aleksoto seniūnija Centro seniūnija Dainavos seniūnija Eigulių seniūnija Gričiupio seniūnija Panemunės seniūnija Petrašiūnų seniūnija Šančių seniūnija Šilainių seniūnija Vilijampolės seniūnija Žaliakalnio seniūnija

Aplinkos apsaugos skyrius E. paslaugų ir informacinių technologijų skyrius Energetikos skyrius Kultūros paveldo skyrius Plėtros programų ir investicijų skyrius Sporto skyrius Statybos valdymo skyrius

Centralizuotas vidaus audito skyrius Centrinis apskaitos skyrius Finansų ir ekonomikos skyrius Juridinių asmenų valdymo skyrius Personalo valdymo skyrius Ryšių su visuomene skyrius Teisės ir konsultavimo skyrius