Būsto modernizavimo, administravimo ir energetikos skyrius Dokumentų skyrius E. paslaugų ir informacinių technologijų skyrius Klientų aptarnavimo ir informavimo skyrius Kultūros paveldo skyrius Licencijų, leidimų ir paslaugų skyrius Miesto planavimo ir architektūros skyrius Ryšių su visuomene skyrius Strateginio planavimo, analizės ir programų valdymo skyrius Tarybos veiklos administravimo skyrius

Seniūnijos Aleksoto seniūnija Centro seniūnija Dainavos seniūnija Eigulių seniūnija Gričiupio seniūnija Panemunės seniūnija Petrašiūnų seniūnija Šančių seniūnija Šilainių seniūnija Vilijampolės seniūnija Žaliakalnio seniūnija

Aplinkos apsaugos skyrius Bendrųjų reikalų skyrius Centralizuoto vidaus audito skyrius Centrinis apskaitos skyrius Centrinis viešųjų pirkimų ir koncesijų skyrius Finansų ir ekonomikos skyrius Investicijų ir projektų skyrius Kultūros skyrius Miesto tvarkymo skyrius Nekilnojamojo turto skyrius Personalo valdymo skyrius Socialinės paramos skyrius Socialinių paslaugų skyrius Sporto skyrius Statybos valdymo skyrius Sveikatos apsaugos skyrius Švietimo skyrius Teisės ir konsultavimo skyrius Transporto ir eismo organizavimo skyrius Užsienio ryšių skyrius Viešosios tvarkos skyrius